Esta igreja é de construção sóbria, apresentando uma única nave, não possuindo abóbodas, sendo o teto de madeira com três planos e em estuque pintado. A sua frontaria é simples, terminando num frontão curvilíneo de características barrocas. Apresenta um baixo-relevo em pedra sobre a porta principal. Ostenta uma única torre sineira. No seu interior sóbrio, destaca-se o coro, feito em madeira. A frontaria segue o estilo Barroco sóbrio, tendo o frontão com curvas e dois pequenos pináculos, encimado por uma cruz em ferro.
Está situada na zona norte da cidade, em frente ao Largo da Igreja, onde termina a rua João César Henriques. Esta rua teve a designação inicial de rua da Igreja, sendo o nome alterado já na primeira metade do século XX, passando a designar-se rua Dr. João César Henriques, médico municipal de 1876 a 1906, que fez doação de bens para a criação de um Hospital na então vila.

De acordo com a descrição feita por Gustavo de M. Sequeira (1949), este é um templo modernizado, com uma fachada incaracterística. Ao tempo da referida descrição o interior, de planta retangular com uma só nave, possuía uma capela-mor com dois altares colaterais e quatro laterais, dois de cada lado.
Esta igreja pertencia ao Padroado Real, sendo o vigário nomeado pelo rei. Há uma referência, no governo de D. João IV, onde se indica a atribuição da capelania dos Paços da vila, capela anexa de S.ª Maria, ao padre Francisco Domingues, dado que esta fazia parte do padroado real in solidum e porque estava vaga porque o capelão anterior, padre Francisco Leitão, fora promovido a vigário da Igreja Matriz da dita vila, isto a 14 de maio de 1650.

Na carta do Núncio Apostólico em Lisboa, Dom Pompeu Nuno, escrita a 21 de maio de 1551, surge a referência à Igreja Nova de S. João de Almeirim. Nesta carta concede-se a Graça do Milénio à muito ilustre senhora dona Catarina de Sousa que visitando os três altares da igreja nova de São João da vila de Almeirim, por três dias, rezando cinco pater nostris e cinco ave marias, em cada um dos altares, sendo o mesmo concedido a todas as mulheres de sua casa. Esta referência indica que a igreja era de construção recente nessa data.

Podemos ainda indicar a informação contida nas Memórias Sepulcrais, manuscrito da autoria conjunta do Padre Luís Montês Matoso, com a colaboração de Frei António da Luz Foz, D. António Caetano de Sousa e de Frei Francisco de S. Luís. Esta publicação resultou de uma intensa pesquisa realizada nas igrejas do país, a propósito das inscrições tumulares existentes no ano de 1741. Acrescente-se que terá resultado da ação de D. António Caetano de Sousa, autor da História Genealógica da Casa Real Portuguesa, obra em quinze volumes.
Aqui se indica a inscrição existente na capela-mor – leia-se espaço do altar-mor – contida numa lápide no pavimento, entre outras - referindo-se o pormenor de ser escrita numa letra semi-gótica – a qual diz: sepultura de mestre Henrique médico que foi da Senhora Infante D.ª Isabel. Faleceu em Almeirim a 5 dias de 1544. Esta referência resulta do facto de se assinalar a Infante D.ª Isabel, irmã de D. João III, que casou em Almeirim, por procuração, com o Imperador Carlos V, no ano de 1525. O que podemos concluir é que já estaria construída neste ano – se a sepultura se fez nessa data. Há igualmente uma escritura de aforamento, da mesma época – ano de 1552 – referindo um aforamento no adro da referida igreja nova de S. João.

Nas Memórias Paroquias, do ano de 1758, escritas pelo Vigário Gaspar Coelho da Silva, surge uma descrição pormenorizada sobre esta igreja matriz. Em resposta às questões do inquérito enviado pelo Governo, informa que a igreja Matriz de S. João Batista tem seis altares: o altar-mor do Sacramento, o colateral, da parte do Evangelho, de Nossa Senhora do Rosário e desse mesmo lado uma capelinha de Santo António; o colateral, da parte da Epístola, do Senhor Jesus Crucificado e desse mesmo lado uma capelinha de S. Miguel Arcanjo e outra do Senhor Jesus dos Passos. Acrescenta igualmente que há na dita igreja as irmandades do Santíssimo, de Nossa Senhora do Rosário, das Almas e do Senhor Jesus dos Passos. O pároco era vigário colado pelo Padroado Real.

Atendendo ao traçado arquitetónico da sua frontaria é de se considerar que sofreu alterações, efetuadas durantes as obras de recuperação feitas no século XVII, ao tempo de D. João IV (?) e, posteriormente, nos anos vinte do século XIX.
O teto em madeira apresenta uma pintura representando o Santo Orago da Freguesia, São João Batista, que se diz ser da autoria de Carlos Reis.

No arco do altar-mor, ou capela-mor, encontra-se o brasão real em madeira pintada e com a forma oval, sugerindo a época de D. João IV. Este brasão está fixado com duas hastes em ferro e com uma inclinação para ser visto de baixo, o que indica ter sido colocado como afirmação do poder real.
As últimas alterações surgiram já no início dos anos cinquenta do século XX, tendo sido retirados os dois altares colaterais e parte da talha dourada que existia no altar-mor. As paredes laterais foram revistas de azulejos em tons de azul e com motivos diversos.

Eurico Henriques